Die term "mikroskopiese anatomie" verwys na die studie van anatomiese strukture op sellulêre en subsellulêre vlakke, tipies met behulp van 'n mikroskoop. Dit fokus op die ondersoek en ontleding van weefsels, selle en organelle wat nie met die blote oog sigbaar is nie. Mikroskopiese anatomie sluit verskeie tegnieke en benaderings in, soos histologie, sitologie en ultrastruktuuranalise, om die gedetailleerde struktuur en organisasie van biologiese monsters te ondersoek. Deur mikroskopiese anatomie te bestudeer, kry navorsers en wetenskaplikes insigte in die funksionele verwantskappe en ingewikkelde komponente van lewende organismes.