Ang Lungsod ng Jefferson ay ang kabiserang lungsod ng estado ng Missouri ng U.S., na matatagpuan sa gitnang bahagi ng estado sa tabi ng Missouri River. Ang terminong "Jefferson City" ay maaari ding tumukoy sa pamahalaan at mga institusyong pang-administratibo na matatagpuan sa lungsod, gaya ng Missouri State Capitol at Missouri Governor's Mansion.
