מרתף ציקלון הוא סוג של מחסה תת קרקעי או מרתף שנועד לספק הגנה מפני הרוחות ההרסניות של סופת ציקלון או טורנדו. הוא בנוי בדרך כלל מבטון מזוין או פלדה וממוקם מתחת לפני הקרקע כדי לספק הגנה מרבית מפני רוחות חזקות, פסולת מעופפת וסכנות אחרות הקשורות לציקלון. מרתפי ציקלון עשויים להיקרא גם מקלטי טורנדו או מרתפי סערה.
