Ang paper electrophoresis ay isang uri ng electrophoresis technique na gumagamit ng strip ng papel bilang medium para sa paghihiwalay ng mga naka-charge na molekula gaya ng mga protina, nucleic acid, at carbohydrates. Ang strip ng papel ay ibinabad sa isang buffer solution at inilagay sa isang electric field, na nagiging sanhi ng paglipat ng mga molekula sa papel sa iba't ibang mga rate depende sa kanilang singil at laki. Habang gumagalaw ang mga molekula sa papel, nahahati ang mga ito sa mga natatanging banda o mga spot na maaaring makita gamit ang paraan ng paglamlam o pagtuklas. Ang paper electrophoresis ay karaniwang ginagamit sa biochemistry, molecular biology, at iba pang larangan ng agham upang suriin at linisin ang mga molekula para sa karagdagang pag-aaral.