Ang kahulugan ng diksyunaryo ng "endonuclease" ay isang enzyme na nagpapagana ng cleavage ng phosphodiester bond sa loob ng DNA o RNA molecule sa mga partikular na lokasyon sa loob ng nucleotide sequence. Ang mga endonucleases ay mahalaga para sa iba't ibang mga biyolohikal na proseso, kabilang ang pagkumpuni, pagtitiklop, at recombination ng DNA. Mayroong ilang mga uri ng endonucleases, kabilang ang mga restriction endonucleases, na ginagamit sa genetic engineering upang i-cut ang DNA sa mga partikular na site, at pag-aayos ng mga endonucleases, na tumutulong upang itama ang mga error sa DNA replication.