Die term "vlagvormige protosoë" verwys na 'n tipe eensellige organisme (protosoë) wat beweeg deur middel van een of meer sweepagtige strukture wat flagella genoem word. Hierdie organismes word gekenmerk deur hul vermoë om vinnig deur water of ander vloeistowwe te beweeg, deur hul flagella te gebruik om hulself vorentoe te dryf.Vlagvormige protosoë kan gevind word in 'n wye verskeidenheid van akwatiese omgewings, insluitend varswater- en soutwaterhabitatte. Enkele voorbeelde van flagellaat-protosoë sluit onder andere Euglena, Trypanosoma en Giardia in.Baie flagellaat-protosoë is belangrike dele van akwatiese ekosisteme, wat as voedselbron vir ander organismes dien. Sommige spesies kan egter ook siektes by mense en diere veroorsaak, wat hulle belangrike teikens maak vir mediese en veeartsenykundige navorsing.