מפרץ סן פרנסיסקו הוא נמל גדול ושפך טבעי בחוף האוקיינוס השקט של צפון קליפורניה בארצות הברית. המונח "מפרץ סן פרנסיסקו" משמש לעתים קרובות כדי להתייחס לנתיב המים והאזורים שמסביב, כולל הערים סן פרנסיסקו, אוקלנד וסן חוזה, כמו גם קהילות קטנות רבות יותר. המפרץ הוא גם ביתם של מספר איים, כולל אלקטרז, האי מלאך ואי המטמון.
